Bioinformatika    2009/10

Predavatelj     izr. prof. dr. Andrej Blejec

Kabinet           Biološko Središče, Z.2.18

Govorilne ure  Pon, 12:00 - 13:00

Vpis ocen        po dogovoru

1. preizkus znanja: Uporaba R 26. 11. 2009 od 9h naprej v B6 - Razpored po urah: seznam.pdf

Naloga 1: Uporaba R - pokaziKajZnas.pdf

Izpiti

1. rok 26. januar 2010
2. rok 08. junij 2010
3. rok 08. september 2010

Na izpit obvezno prinesite Indeks (študentska izkaznica ni dovolj!)


Urnik

  Predavanja: Četrtek 10:00 - 11:00
         
         
  Vaje Ponedeljek 10:00 - 13:00
    Torek 10:00 - 13:00
    Sreda 11:00 - 14:00
         

Izvedbeni načrt: Bioinformatika/Izvedbeni nacrt 2009.pdf

Spletna učilnica Moodle

Gradiva

Predavanja

Primeri uporabe R v bioinformatiki compBiol.pdf, Programski ukazi: compBiol.R

Uporaba R v Bioinformatiki (2. del) UporabaR2S.pdf, Programski ukazi: UporabaR2.R

Manipulacija nizov znakov stringsS.pdf, strings.R

Povezava s KEGG KEGG-anotacija.pdf, Programski ukazi: KEGG-anotacija.R

Perl PerlS.pdf

Baze podatkov
BazePodatkovS.pdf, BazePodatkov.R, BazePodatkovA.pdf
FASTA.pdf, FASTA.R

 

Vaje

Seznam in opis pogosteje uporabljenih ukazov v R: Rcard.pdf

Vaje iz R: 

Bioinf-vaje.pdf

Poglavje iz knjige: Chapter-4.zip

Vaje za MySQL

Datoteka za brisanje tabel v bazi, drop.txt
Prekopirajte jo na disk H: in v MySQL napišite ukaz: SOURCE h:\drop.txt
tako pripravite bazo za naslednjo skupino. Ta ukaz lahko pozenete tudi preden začnete s kreiranjem tabel.