BI019   Bioinformatika

Predavatelj     prof. dr. Andrej Blejec

Kabinet           Biološko Središče, Z.2.18

Govorilne ure  Tor, 13:00 - 14:00

Vpis ocen        Ocene vpisuje prof. dr. Anderluh

 

Naloga 1: Uporaba R - pokaziKajZnas.pdf

Izpiti

Seznam izpitnih rokov je objavljen v ŠIS in na Moodle


Urnik

  Predavanja: Torek 13:00 - 14:00
         
         
  Vaje Sreda 14:00 - 17:00
    Četrtek 08:00 - 11:00
    Četrtek 11:00 - 14:00
         

Izvedbeni načrt

Spletna učilnica Moodle

Gradiva

Predavanja

Osnove teorije informacij: TeorijaInformacijS.pdf   TeorijaInformacijA.pdf

Baze podatkov: BazePodatkovA.pdf, BazePodatkov1S.pdf

* Podatki Oseba.xml,
* Podatki z uporabo sheme (xsl): Oseba2.xml, Oseba2.xsl

Primeri uporabe R v bioinformatiki compBiol.pdf, Programski ukazi: compBiol.R

Uporaba R v Bioinformatiki (2. del) UporabaR2S.pdf, Programski ukazi: UporabaR2.R

Manipulacija nizov znakov stringsS.pdf, strings.R

Povezava s KEGG KEGG-anotacija.pdf, Programski ukazi: KEGG-anotacija.R

Primerjava zaporedij - Točkovni graf (dotPlot): dotplot.pdf, Programski ukazi: dotplot.R

Perl PerlS.pdf

Baze podatkov
BazePodatkovS.pdf, BazePodatkov.R, BazePodatkovA.pdf
FASTA.pdf, FASTA.R

Knjiga: Knjiga.pdf

Vaje

Seznam in opis pogosteje uporabljenih ukazov v R: Rcard.pdf

O zaporedjih:
R-Bioinf-sekvenceS.pdf     R-Bioinf-sekvenceA.pdf     R-Bioinf-sekvence.R

Različne datoteke so dostopne tule

Vaje iz R: 

Vaje za MySQL

Datoteka za brisanje tabel v bazi, drop.txt
Prekopirajte jo na disk H: in v MySQL napišite ukaz: SOURCE h:/drop.txt
tako pripravite bazo za naslednjo skupino. Ta ukaz lahko poženete tudi preden začnete s kreiranjem tabel.