R page

Tule se zbirajo dokumenti v zvezi z uporabo R

Na tej strani:

Namig: R programske stavke in izpise v PDF datotekah lahko skupaj z oznakami "> " skopirate na clipboard in jih prenesete v R ukazno okno z uporabo izbire ’Edit/Paste commands only’

 


Moj priročnik (v nastajanju, se spreminja)

Introduction to R

Dostop do datoteke bmiall.txt (vse datoteke s podatki so dostopne tule in v ZIP datoteki Data)

Zip datoteka (I2R.zip) vse datoteke s podatki, priročnik v PDF obliki in vse uporabljene ukaze (datoteke /doc/*.R).  Priporočam, da vsebino razpnete v nek poddirektorij ( npr.  C:/I2R ) in prestavite delovni direktorij na C:/I2R/R -- uporabite lahko ukaz: setwd("C:/I2R/R")

Primer analize podatkov: I2R-BMI-slideS.pdf, I2R-BMI-slide.R

Nekaj uporabnih virov je tudi na ITAP in ECPR

Podatki: Chain laddder.xls, Claims.csv

Podatki: Podatki2012.txt

Priročen zna biti tudi seznam prepostih ukazov: Rcard.pdf


Sweave

Sweave povezuje R z LaTeX, in je učinkovito sredstvo za dokumentiranje analiz in pripravo poročil.
Sweave je osnova za zagotavljanje ponovljivosti raziskav (reproducible research).
Kratek primer je v poskus.pdf.

V grobem poteka stvar takole:

skozi Sweave pošljemo .Rnw datoteko poskus.Rnw
ta naredi .tex datoteko poskus.tex
iz nje pa pripravimo .pdf dokument poskus.pdf
   
Kot stranski produkt dobimo še datoteko z vsemi R ukazi (Stangle) poskus.R

Osnovna datoteka poskus.Rnw in vse druge so v datoteki poskus.zip

Za podrobnosti poiščite "Sweave" na  RSeek.org R-project Search Engine
ali pa poglejte An Sweave Demo

R + LaTeX = Sweave

predavanje na IBMI 19. 5. 2008 Blejec-Sweave-080519.pdf

knitr

Primer uporabe knitr

test-knitr.pdf

test-knitr.Rnw

test-knitr.tex

 


RStudio

RStudio je prosto dostopen na http://www.rstudio.org/ in je gotovo najrazvitejše integrirano razvojno okolje (IDE) za R.
Podpira pripravo poročil s pomočjo Sweave in knitr (PDF) in Markdown (HTML).

Od verzije iz Dec 2013 je na voljo tudi 'Presentations', ki z Markdown omogoča pripravo prosojnic v obliki HTML5.
Primer izvorne datoteke (v RStudiu jo preimenujte v Presentations.Rpres) prosojnice so pa tule: Presentation.html


MVA

Priprava na seminarje iz multivariatne analize - podiplomski študij Statistika.

2007

"Multivariatne metode in manjkajoči podatki"
 mva07.pdf (posodobljeno 4. 6. 2008)

Funkcije, potrebne za mva07 (tudi funkcije za risanje v treh dimenzijah, Graph3d.r) je potrebno naložiti pred delom.
V tej datoteki je npr funkcija "declareMissing"

R ukazi uporabljeni v mva07: mva07.R

Nekaj uporabnih paketov za MVA je naštetih v Izboru paketov

MCAR
za generiranje manjkajočih vrednosti sem pripravil še en zapis
missingValues.pdf , missingValues.R

2008

"Generiranje nenavadnih skupin podatkov"
MVA08.pdf (in njihova vizualizacija v treh dimenzijah - 3D)

MVA08.R

2009

"Kanonična korelacija"
MVA09.pdf

MVA09.R


Seznam pogostih ukazov

Rcard.pdf


Nasveti za stil pisanja v R

Za preglednost programov je pomemben čimenotnejši stil pisanja programov. Za namige si oglejte

R Coding Conventions
Google's R Style Guide


R in Excel datoteke

Izmenjava tabel med R in Excel v Excel domačem formatu:
xlsReadWrite.pdf

Paket xlsReadWrite ni več v seznamu paketov na CRAN.
V dokumentu je opisana rešitev z uporabo ODBC. Definirana je funkcija read.xls


Branje in zapisovanje datotek

Kako preberemo podatke v navadni text obliki, Excel ali SPSS? Kako zapišem tabelo na disk?

Predstavljeno na  2. sestanku Rkoholikov, 3. december 2009

Predavanje: HowTo-IOS.pdf, uporabljeni ukazi: HowTo-IO.R, podatki: HowTo-IO.zip.
(Posodobljeno 27. 10. 2013)


Datumske spremenljivke

Nekaj napotkov za risanje grafov s časovnimi spremnljivkami spremenljivk

Date.pdf

Datoteka s podatki: datumi.xls


Uporaba posebnih znakov ( … č š ž ‰ º € • µ ) v grafiki

ASCII.pdf

Šumnike v grafih (pdf) lahko pravilno prikažemo s spremembo kodiranja encoding.
Tule je rešitev za neposredno risanje v pdf in za uporabo v Sweave
HowTo-UporabaSumnikovVGrafu.pdf, HowTo-UporabaSumnikovVGrafu.rnw

Pri uporabi šumnikov v R grafih se pri PDF obliki grafov pojavljajo težave predvsem
pri črki ’č’. Moja izkušnja je, da program Acrobat zamika črko ’č’, medtem
ko program SumatraPDF prikaže besedilo pravilno.

Namigi romunov-a na rešitev pri uporabi knitr so na Stackoverflow


Grafi z višjo ločljivostjo (.wmf in .png)

HowTo make high resolution figures: HowToWMF.pdf
Slike: lineplot2.png, lineplot2.wmf, lineplot3.png


Redefine base colors: A new palette() for R

You can replace base colors, referenced by numbers, with the function palette().
You can define more than nine colors, which will be recycled if the color number exceeds the number of defined colors.

In R version 4.xx, a new base nine less saturated colors will be defined. Read an informative blog about the changes.
A New palette() for R


Demo

Galtonova plošča - Quincunx quincunx.pdf, quincunx.R

Minimum vsote odklonov od mediane, povprečja in geometrijske sredine
(dinamična grafika) mindev.pdf

Joint and marginal distributions / Robne in skupne porazdelitve /
JointS.pdf - slides, A4 article format, R commands file
Inspired by Lynne Billard lecture in Radenci, 2009.


Shiny - dinamične R strani

Vzorčna porazdelitev: https://ablejec.shinyapps.io/SamplingDIstribution/

Normalna porazdelitev: https://ablejec.shinyapps.io/NormalDistribution/NormalDistribution.Rmd#1


Simulacija trajanja faz celičnega cikla

Dokument: CelicniCikel.pdf
R ukazi    : CelicniCikel.txt


SPSS in R

Knjiga z opisom, kako lahko SPSS nadgradimo z R

SPSS Programming and Data Management
Part III: Programming with SPSS and R (str. 418 - 460)


Izbor paketov


Povezave

R graphical manuals, A collection of R graphics from all R packages
http://cged.genes.nig.ac.jp/RGM2/

Google R Style Guide

Quick-R for SAS/SPSS/Stata Users, interesting R tutorial

Nabble R-help on a web

A (Not So) Short Introduction to S4, package packClassic

Programming in R - a good web based manual (a little bit bioinformatics oriented)

http://www.quanetic.com/Regex Regular Expression Tester

RWordPress http://www.omegahat.org/RWordPress/

Omega Project for Statistical Computing http://www.omegahat.org/

 


 

Sestavlja: A. Blejec (andrej.blejec [at] nib.si)