R page

Tule se zbirajo dokumenti v zvezi z uporabo R

Na tej strani:

Namig: R programske stavke in izpise v PDF datotekah lahko skupaj z oznakami "> " skopirate na clipboard in jih prenesete v R ukazno okno z uporabo izbire ’Edit/Paste commands only’

 


Moj priročnik (v nastajanju, se spreminja)

Introduction to R

Dostop do datoteke bmiall.txt (vse datoteke s podatki so dostopne tule in v ZIP datoteki Data)

Zip datoteka (I2R.zip) vse datoteke s podatki, priročnik v PDF obliki in vse uporabljene ukaze (datoteke /doc/*.R).  Priporočam, da vsebino razpnete v nek poddirektorij ( npr.  C:/I2R ) in prestavite delovni direktorij na C:/I2R/R -- uporabite lahko ukaz: setwd("C:/I2R/R")

Primer analize podatkov: I2R-BMI-slideS.pdf, I2R-BMI-slide.R

Nekaj uporabnih virov je tudi na ITAP in ECPR

Podatki: Chain laddder.xls, Claims.csv

Podatki: Podatki2012.txt

Priročen zna biti tudi seznam prepostih ukazov: Rcard.pdf


Sweave

Sweave povezuje R z LaTeX, in je učinkovito sredstvo za dokumentiranje analiz in pripravo poročil.
Sweave je osnova za zagotavljanje ponovljivosti raziskav (reproducible research).
Kratek primer je v poskus.pdf.

V grobem poteka stvar takole:

skozi Sweave pošljemo .Rnw datoteko poskus.Rnw
ta naredi .tex datoteko poskus.tex
iz nje pa pripravimo .pdf dokument poskus.pdf
   
Kot stranski produkt dobimo še datoteko z vsemi R ukazi (Stangle) poskus.R

Osnovna datoteka poskus.Rnw in vse druge so v datoteki poskus.zip

Za podrobnosti poiščite "Sweave" na  RSeek.org R-project Search Engine
ali pa poglejte An Sweave Demo

R + LaTeX = Sweave

predavanje na IBMI 19. 5. 2008 Blejec-Sweave-080519.pdf


RStudio

RStudio je prosto dostopen na http://www.rstudio.org/ in je gotovo najrazvitejše integrirano razvojno okolje (IDE) za R.
Podpira pripravo poročil s pomočjo Sweave in knitr (PDF) in Markdown (HTML).

Od verzije iz Dec 2013 je na voljo tudi 'Presentations', ki z Markdown omogoča pripravo prosojnic v obliki HTML5.
Primer izvorne datoteke (v RStudiu jo preimenujte v Presentations.Rpres) prosojnice so pa tule: Presentation.html


MVA

Priprava na seminarje iz multivariatne analize - podiplomski študij Statistika.

2007

"Multivariatne metode in manjkajoči podatki"
 mva07.pdf (posodobljeno 4. 6. 2008)

Funkcije, potrebne za mva07 (tudi funkcije za risanje v treh dimenzijah, Graph3d.r) je potrebno naložiti pred delom.
V tej datoteki je npr funkcija "declareMissing"

R ukazi uporabljeni v mva07: mva07.R

Nekaj uporabnih paketov za MVA je naštetih v Izboru paketov

MCAR
za generiranje manjkajočih vrednosti sem pripravil še en zapis
missingValues.pdf , missingValues.R

2008

"Generiranje nenavadnih skupin podatkov"
MVA08.pdf (in njihova vizualizacija v treh dimenzijah - 3D)

MVA08.R

2009

"Kanonična korelacija"
MVA09.pdf

MVA09.R


Seznam pogostih ukazov

Rcard.pdf


Nasveti za stil pisanja v R

Za preglednost programov je pomemben čimenotnejši stil pisanja programov. Za namige si oglejte

R Coding Conventions
Google's R Style Guide


R in Excel datoteke

Izmenjava tabel med R in Excel v Excel domačem formatu:
xlsReadWrite.pdf

Paket xlsReadWrite ni več v seznamu paketov na CRAN.
V dokumentu je opisana rešitev z uporabo ODBC. Definirana je funkcija read.xls


Branje in zapisovanje datotek

Kako preberemo podatke v navadni text obliki, Excel ali SPSS? Kako zapišem tabelo na disk?

Predstavljeno na  2. sestanku Rkoholikov, 3. december 2009

Predavanje: HowTo-IOS.pdf, uporabljeni ukazi: HowTo-IO.R, podatki: HowTo-IO.zip.
(Posodobljeno 27. 10. 2013)


Datumske spremenljivke

Nekaj napotkov za risanje grafov s časovnimi spremnljivkami spremenljivk

Date.pdf

Datoteka s podatki: datumi.xls


Uporaba posebnih znakov ( … č š ž ‰ º € • µ ) v grafiki

ASCII.pdf

Šumnike v grafih (pdf) lahko pravilno prikažemo s spremembo kodiranja encoding.
Tule je rešitev za neposredno risanje v pdf in za uporabo v Sweave
HowTo-UporabaSumnikovVGrafu.pdf, HowTo-UporabaSumnikovVGrafu.rnw

Pri uporabi šumnikov v R grafih se pri PDF obliki grafov pojavljajo težave predvsem
pri črki ’č’. Moja izkušnja je, da program Acrobat zamika črko ’č’, medtem
ko program SumatraPDF prikaže besedilo pravilno.

Namigi romunov-a na rešitev pri uporabi knitr so na Stackoverflow


Grafi z višjo ločljivostjo (.wmf in .png)

HowTo make high resolution figures: HowToWMF.pdf
Slike: lineplot2.png, lineplot2.wmf, lineplot3.png


Demo

Galtonova plošča - Quincunx quincunx.pdf, quincunx.R

Minimum vsote odklonov od mediane, povprečja in geometrijske sredine
(dinamična grafika, odpri v Adobe Acrobat) mindev.pdf

New: Joint and marginal distributions / Robne in skupne porazdelitve /
JointS.pdf - slides, A4 article format, R commands file
Inspired by Lynne Billard lecture in Radenci, 2009.


Shiny - dinamične R strani

Vzorčna porazdelitev: https://ablejec.shinyapps.io/SamplingDIstribution/


Simulacija trajanja faz celičnega cikla

Dokument: CelicniCikel.pdf
R ukazi    : CelicniCikel.txt


SPSS in R

Knjiga z opisom, kako lahko SPSS nadgradimo z R

SPSS Programming and Data Management
Part III: Programming with SPSS and R (str. 418 - 460)


Izbor paketov


Povezave

R graphical manuals, A collection of R graphics from all R packages
http://cged.genes.nig.ac.jp/RGM2/

Google R Style Guide

Quick-R for SAS/SPSS/Stata Users, interesting R tutorial

Nabble R-help on a web

A (Not So) Short Introduction to S4, package packClassic

Programming in R - a good web based manual (a little bit bioinformatics oriented)

http://www.quanetic.com/Regex Regular Expression Tester

RWordPress http://www.omegahat.org/RWordPress/

Omega Project for Statistical Computing http://www.omegahat.org/

 


Sestavlja: A. Blejec (andrej.blejec [at] nib.si)