R

Tule se zbirajo dokumenti v zvezi z uporabo R

Na tej strani:

Namig: R programske stavke in izpise v PDF datotekah lahko skupaj z oznakami "> " skopirate na clipboard in jih prenesete v R ukazno okno z uporabo izbire ’Edit/Paste commands only’

Sweave

Sweave povezuje R z LaTeX, in je učinkovito sredstvo za dokumentiranje analiz in pripravo poročil.
Sweave je osnova za zagotavljanje ponovljivosti raziskav (reproducible research).
Kratek primer je v poskus.pdf.

V grobem poteka stvar takole:

skozi Sweave pošljemo .Rnw datoteko poskus.Rnw
ta naredi .tex datoteko poskus.tex
iz nje pa pripravimo .pdf dokument poskus.pdf
   
Kot stranski produkt dobimo še datoteko z vsemi R ukazi (Stangle) poskus.R

Osnovna datoteka poskus.Rnw in vse druge so v datoteki poskus.zip

Za podrobnosti poiščite "Sweave" na  RSeek.org R-project Search Engine
ali pa poglejte An Sweave Demo

R + LaTeX = Sweave

predavanje na IBMI 19. 5. 2008 Blejec-Sweave-080519.pdf

MVA

2007

"Multivariatne metode in manjkajoči podatki"
 mva07.pdf (posodobljeno 4. 6. 2008)

Funkcije, potrebne za mva07 (Graph3d.r) je potrebno naložiti pred delom.
V tej datoteki je npr funkcija "declareMissing"

R ukazi uporabljeni v mva07: mva07.R

Nekaj uporabnih paketov za MVA je naštetih v Izboru paketov

2008

"Generiranje nenavadnih skupin podatkov"
MVA08.pdf

MVA08.R

2009

"Kanonična korelacija"
MVA09.pdf

MVA09.R

Moj priročnik (v nastajanju, se spreminja)

Introduction to R (July 2009)

Dostop do datoteke bmiall.txt (vse datoteke s podatki so dostopne tule in v ZIP datoteki Data)

Zip datoteka (I2R.zip) vse datoteke s podatki, priročnik v PDF obliki in vse uporabljene ukaze (datoteke /doc/*.R).  Priporočam, da vsebino razpnete v nek poddirektorij ( npr.  C:/I2R ) in prestavite delovni direktorij na C:/I2R/R -- uporabite lahko ukaz: setwd("C:/I2R/R")

Nekaj uporabnih virov je tudi na ITAP in ECPR

Seznam pogostih ukazov

Rcard.pdf

R in Excel datoteke

Izmenjava tabel med R in Excel v Excel domačem formatu:
xlsReadWrite.pdf

Paket xlsReadWrite ni več v seznamu paketov na CRAN.
V dokumentu je opisana rešitev z uporabo ODBC. Definirana je funkcija read.xls

Branje in zapisovanje datotek

Kako preberemo podatke v navadni text obliki, Excel ali SPSS? Kako zapišem tabelo na disk?

Predstavljeno na  2. sestanku Rkoholikov, 3. december 2009

Predavanje: HowTo-IOS.pdf, uporabljeni ukazi: HowTo-IO.R, podatki: HowTo-IO.zip.

Datumske spremenljivke

Nekaj napotkov za risanje grafov s časovnimi spremnljivkami spremenljivk

Date.pdf

Datoteka s podatki: datumi.xls

Uporaba posebnih znakov ( … ‰ º € • µ ) v grafiki

ASCII.pdf

Grafi z višjo ločljivostjo (.wmf in .png)

HowTo make high resolution figures: HowToWMF.pdf
Slike: lineplot2.png, lineplot2.wmf, lineplot3.png

Demo

Galtonova plošča - Quincunx quincunx.pdf, quincunx.R

Minimum vsote odklonov od mediane, povprečja in geometrijske sredine
(dinamična grafika) mindev.pdf

New: Joint and marginal distributions / Robne in skupne porazdelitve /
JointS.pdf - slides, A4 article format, R commands file
Inspired by Lynne Billard lecture in Radenci, 2009.

Simulacija trajanja faz celičnega cikla

Dokument: CelicniCikel.pdf
R ukazi    : CelicniCikel.txt

SPSS in R

Knjiga z opisom, kako lahko SPSS nadgradimo z R

SPSS Programming and Data Management
Part III: Programming with SPSS and R (str. 418 - 460)

Izbor paketov

fields Tools for spatial data; plastnice
mvtnorm Multivariate Normal and T Distribution
RCurl HTTP request interface
sn The skew-normal and skew-t distributions
cwhmisc cwhmath cwhstring cwhplot cwhprint cwhstat cwhtool
plyr Tools for splitting, applying and combining data
memisc Imports SPSS, Management of Survey Data, Graphics, Programming, Statistics, and Simulation
depth Depth functions methodology applied to multivariate analysis. Iso-contour calculation and plots (image and persp)
TeachingDemos Demonstrations for teaching and learning; design your symbols - my.symbols
SweaveListingUtils Utilities for Sweave together with TeX listings package
prettyR Functions for conventionally formatted descriptive stats, and to format R output as HTML.
misc3d A collection of miscellaneous 3d plots, including isosurfaces.
epicalc Epidemiological calculator
reshape Flexibly reshape data
ifultools Insightful Research Tools

inlinedocs

Convert inline comments to documentation
numDeriv Accurate Numerical Derivatives
polynom Univariate polynomial manipulations
PolynomF Univariate polynomial objects
deSolve Solving differential equations
formula.tools Tools for working with formulas, expressions, calls and other  objects
RGtk2DfEdit RGtk2 data frame editor megawidget
Ryaccas Calculus using R: yaccas
playwith a GTK+ graphical user interface for editing and interacting with R plots
R2wd Write MS-Word documents from R
twiddler creates a Tcl/Tk GUI for manipulating variables in any R expression

 

Povezave

R graphical manuals, A collection of R graphics from all R packages
 http://cged.genes.nig.ac.jp/RGM2/

Quick-R for SAS/SPSS/Stata Users, interesting R tutorial

Nabble R-help on a web

A (Not So) Short Introduction to S4, package packClassic

Programming in R - a good web based manual (a little bit bioinformatics oriented)

http://www.quanetic.com/Regex Regular Expression Tester

RWordPress http://www.omegahat.org/RWordPress/

Omega Project for Statistical Computing http://www.omegahat.org/

 

Sestavlja: A. Blejec (andrej.blejec [at] nib.si)